La pandémie de Covid-19 : le retour du coronavirus

La connaissance de l'histoire des épidémies est fondamentale pour comprendre et combattre l'apparition d'une nouvelle maladie émergente comme l'épidémie de Covid-19, qui est la troisième épidémie respiratoire causée par un nouveau coronavirus au XXIe siècle.En premier, dans notre pays, il faut saluer le courage, la bravoure, la résilience, l'abnégation, le sacrifice et l'immense travail accompli par tous les travailleurs de la santé dans les hôpitaux publics et les cliniques privées (médecins, infirmières et infirmiers, techniciennes et techniciens de laboratoire, chauffeurs d'ambulance?) et les travailleurs de la Protection civile pour la prise en charge des patientes et patients atteints de Covid-19 et le combat quotidien contre cette nouvelle pandémie.
Dans toute épidémie, la première arme, c'est l'information. Il serait intéressant de faire un retour sur les séquences les plus marquantes de l'histoire récente de l'épidémie de Covid-19 qui a fonctionné comme une caméra Millenium DXL (2016) de la firme Panavision ou un microscope électronique à transmission, en magnifiant en l'espace de 4 mois les problèmes de santé publique, les problèmes politiques, économiques et sociaux que vit l'humanité en ce début de XXIe siècle.
Nous pouvons rappeler que l'OMS (Organisation mondiale de la santé) avait été informée le 31 décembre 2019 par le gouvernement chinois de l'apparition de plusieurs cas de pneumonie dans la ville de Wuhan, située dans la province de Hubei. Le 5 janvier 2020, l'équipe de recherche du professeur Yong-Zhen Zhang qui travaille au Centre de santé publique de Shanghai, Université Fudan de Shanghai (Chine), a soumis la séquence génomique d'un nouveau coronavirus associé à une maladie respiratoire humaine.
L'article de recherche qui décrit ce nouveau coronavirus et cette maladie respiratoire a été soumis pour publication au journal scientifique Nature le 7 janvier 2020. Il a été accepté pour la publication le 28 janvier 2020 et publié online le 3 février 2020. Le 13 janvier 2020, l'équipe du professeur Yong-Zhen Zhang a soumis la séquence du génome du nouveau coronavirus à la banque de gènes GenBank qui fait partie des ressources ouvertes du portail internet du Centre national d'information de la biotechnologie (en anglais NCBI) qui appartient au gouvernement fédéral américain. Le nom de la séquence est "Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome" et la référence de la séquence est NC_045512.1.
La séquence a été actualisée le 17 janvier 2020 et porte aujourd'hui la référence NC-045512.2 au niveau de GenBank. C'est la séquence de référence pour les études génomiques sur le nouveau coronavirus SARS-CoV-2. Grâce aux développements des technologies de la microscopie électronique et du séquençage des acides nucléiques (ADN et ARN), c'est la première fois dans l'histoire des épidémies qu'on identifie un virus aussi rapidement, avant de bien connaître la maladie et de la nommer.
Le 7 janvier 2020, le gouvernement chinois a confirmé qu'il s'agissait bien d'un nouveau virus de la famille des coronavirus. Dans un premier temps, il a été baptisé temporairement "2019-nCoV" puis SARS-CoV-2 et la maladie qu'il provoque est nommée Covid-19 (en anglais CoronaVirus Disease 2019) par l'OMS pour éviter toute stigmatisation. Le réservoir naturel du virus SARS-Cov-2 serait aussi la chauve-souris.
Mais c'est un hôte intermédiaire qui serait le pangolin (un mammifère au corps recouvert d'écailles) qui l'aurait transmis à l'homme. Les études génétiques ont montré que la séquence du génome du virus Pangolin-CoV est identique à 91,02% et 90,55% au SARS-CoV-2 et à celle du virus de la chauve-souris-CoV RaTG13, respectivement. Mis à part le coronavirus RaTG13 de la chauve-souris, le virus Pangolin-CoV est le coronavirus le plus étroitement lié au SARS-CoV-2.
Quatre mois plus tard, le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 est devenu comparable au virus H1N1 qui provoqua la grippe espagnole en 1918-1919, en touchant tous les pays du monde. Fait intéressant, l'épidémie de grippe de 1918-1919 a vu le déploiement massif des gestes barrières, que nous vivons aujourd'hui depuis l'arrivée du Covid-19 : lavage des mains, interdiction des attroupements, confinement à domicile, port du masque, mise en quarantaine, fermeture des écoles, interdiction des services religieux, fermeture des divertissements publics, fermeture des commerces?
Retour sur l'histoire numérique du Covid-19
Le début du Covid-19 sur le moteur de recherche Google et les réseaux sociaux pour la tribu numérique mondiale a commencé une journée avant l'histoire officielle du Covid-19, comme le mélange d'une histoire sortie tout droit des romans de Milan Kundera qui se passaient sous le régime autocratique qui gouvernait la Tchécoslovaquie dans les années 50, et du film Contagion du réalisateur américain Steven Soderbergh (sorti en 2011), écrit par le brillant scénariste Scott Z Burns.
Le film raconte avec un style hyperréaliste et froid la propagation d'un virus qui tue les personnes en quelques heures, et qui devient en quelques jours, grâce aux transports transcontinentaux et du commerce international, une pandémie mondiale qui décime une partie de l'humanité. En effet, le 30 décembre 2019, l'ophtalmologue Li Wenliang, qui travaillait à l'hôpital central de Wuhan (Chine), avait tiré la sonnette d'alarme sur une nouvelle épidémie de pneumonie qui allait devenir Covid-19.
Sur la messagerie instantanée WeChat, il avait envoyé à des confrères que des patients semblaient être contaminées par le SARS (le virus qui avait provoqué une épidémie de pneumonie sévère en 2002- 2003 en Chine, Hong Kong, Hanoi, Singapour, Toronto?) et qu'ils étaient en quarantaine dans l'hôpital où il travaillait. Juste après, Dr Li Wenliang et sept autres médecins de Wuhan, lanceurs d'alerte, ont été arrêtés par la police, menacés et forcés de signer une lettre dans laquelle ils s'engageaient à ne pas diffuser de rumeurs. Le lendemain, le Dr Li Wenliang était retourné au travail auprès de ses patients, et il avait contracté le nouveau coronavirus. Il est décédé du Covid-19, le 7 février 2020. Sa mort a ému la Chine entière.
La Cour suprême chinoise avait par la suite considéré que les lanceurs d'alerte avaient été traités de manière "inappropriée". La commission d'enquête désignée par le Parti communiste chinois a réhabilité Dr Li Wenliang et la police de Wuhan a présenté des excuses officielles à la famille du Dr Li Wenliang. À l'annonce de la mort du Dr Li Wenliang, le directeur des programmes d'urgence de l'OMS, Dr Michael Ryan, a déclaré : "Nous sommes profondément attristés par la mort du docteur Li Wenliang. Nous devons tous rendre hommage à son travail sur le 2019-n-CoV."
L'histoire récente des épidémies virales causées par les nouveaux coronavirus
La connaissance de l'histoire des épidémies est fondamentale pour comprendre et combattre l'apparition d'une nouvelle maladie émergente comme l'épidémie de Covid-19, qui est la troisième épidémie respiratoire causée par un nouveau coronavirus au XXIe siècle. Il faut rappeler que l'épidémie du SARS (syndrome respiratoire aigu sévère) dont l'agent causal est un nouveau coronavirus nommé aujourd'hui SARS-Cov-1 était la première maladie grave et transmissible à émerger en ce XXIe siècle. La maladie s'est propagée très vite grâce aux transports aériens.
Le SARS a été identifié pour la première fois à Hanoï (Vietnam), le 28 févier 2003, par le docteur Carlo Urbani, médecin épidémiologiste du bureau de l'OMS à Hanoï, qui avait examiné un patient atteint d'une forme sévère de pneumonie d'origine inconnue. L'épidémie va entraîner l'infection de 20 personnes travaillant à l'hôpital français de Hanoï, le 11 mars 2003. Par ailleurs, 23 personnes hospitalisées à Hong Kong présentaient aussi un syndrome respiratoire aigu analogue. Le docteur Carlo Urbani est mort le 29 mars 2003 de cette nouvelle maladie qu'il avait réussi à endiguer localement et dont il avait permis d'identifier le virus.
L'OMS va lancer l'alerte concernant cette nouvelle maladie le 12 mars 2003. Grâce à une énergique mobilisation internationale, l'épidémie a pu être endiguée grâce à des mesures d'isolement et de quarantaine. Nous savons aujourd'hui que les premiers cas de SARS sont apparus à la mi-novembre 2002 dans la province de Guangdong, en Chine. Le 17 avril 2003, l'agent causal du SARS a été identifié, il s'agit d'un nouveau coronavirus différent de tout autre virus connu de cette famille, que ce soit l'homme ou l'animal. Le séquençage de l'ARN du virus a été fait rapidement.
Le 30 novembre 2017, l'excellente équipe de recherche du Dr Zheng Li, qui dirige la laboratoire des coronavirus au niveau de l'Institut de virologie de Wuhan (Chine), a publié un article dans le journal Plos pathogens ou les chercheurs chinois ont montré que le virus SARS qui a été transmis à l'homme par l'intermédiaire d'un animal appelé la civette (petit mammifère carnivore d'Asie qui ressemble à un chat) est un virus animal qui provient d'un réservoir biologique naturel qui est la chauves-souris en fer à cheval vivant dans des grottes dans la province du Yunnan en Chine.La deuxième épidémie liée à un nouveau coronavirus est apparue en 2012 chez un patient en Arabie Saoudite. Le virus est appelé le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) ou la fièvre du chameau (en anglais Camel flu).
Cette épidémie a touché essentiellement dans un premier temps les pays du Moyen-Orient comme l'Arabie Saoudite, l'Egypte, la Jordanie, le Koweït, le Liban, Oman, le Qatar, les Emirats arabes unis et le Yémen. En mai 2015, un premier patient atteint de MERS-CoV a été confirmé en Corée du Sud. 184 patients ont été testés positifs pour ce virus et 19 patients sont morts des suites de cette épidémie en Corée du Sud. Le MERS-CoV est un coronavirus qui serait originaire aussi des chauves-souris, mais il a été transmis à l'homme par un hôte intermédiaire qui est le chameau.
La pandémie Covid-19 et l'enseignement
L'épidémie Covid-19 a affecté d'une manière drastique l'enseignement supérieur et l'éducation nationale à tous les paliers. La fermeture des établissements scolaires et universitaires a touché, selon l'Unesco, 1,7 milliard d'élèves et étudiants (90% de la population mondiale des apprenants) répartis dans 186 pays à travers le monde. La majorité des pays a lancé des programmes d'éducation continue à travers l'enseignement à distance.
L'impact de cette fermeture des écoles et des universités touchera en premier le principe de l'égalité des chances des élèves et des étudiants, en raison de la fracture numérique qui affecte divers pays. Il y a une très grande inégalité dans l'accès à l'outil informatique et Internet dans la majorité des pays. Il faut rappeler que la transmission du savoir est un acte présentiel. Il serait illusoire, comme le pensent les spin doctors du néolibéralisme, partisans de la marchandisation de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur, de pouvoir remplacer l'enseignement magistral classique par un enseignement en ligne payant et à la demande.
Il faut aussi préciser que la massification de l'enseignement supérieur depuis une dizaine d'années dans de nombreux pays (où l'accès à l'université est gratuit) rend la tâche de l'enseignant universitaire extrêmement difficile pour donner un enseignement à distance, en raison d'un budget de formation de l'étudiant dérisoire et des coupures drastiques dans les budgets de l'enseignement supérieur et de la recherche scientifique, conséquence des politiques économiques néolibérales.
Comment organiser une séance de travaux dirigés à distance pour un groupe qui compte 35 à 40 étudiants en moyenne ' Comment organiser un cours à distance pour une section qui compte 150 à 200 étudiants en moyenne ' Par ailleurs, pour les étudiants qui préparent des thèses de doctorat ou des mémoires de master de fin d'études dans les sciences expérimentales, la tâche est impossible.
Car ces étudiants doivent manipuler sur les paillasses des laboratoires (en chimie, physique, génie civil, génie des procédés, génie électrique, biologie, géologie) et doivent collecter les échantillons et les données sur le terrain (cela dépend de la spécialité : prélèvement de patients à l'hôpital, sortie sur le terrain pour les écologistes, océanographes, géologues, botanistes pour l'observation et la collecte des échantillons?).
La recherche scientifique
La pandémie Covid-19 a généré une masse importante de travaux scientifiques. Au 2 mai 2020, 11 518 articles de recherche ont été publiés sur les divers aspects du Covid-19 et sont en majorité répertoriés dans la banque de données Pubmed, qui fait partie des ressources ouvertes du portail Internet du Centre national d'information de la biotechnologie (en anglais NCBI) du gouvernement fédéral américain.
À cela, il faut ajouter les 2 582 articles disponibles sur les serveurs medRxiv et BioRxiv, respectivement. Il faut préciser que les articles présents sur les serveurs medRxiv et BioRxiv sont des rapports préliminaires qui n'ont pas fait l'objet d'un examen par les pairs. Par ailleurs, il faut signaler que 16 000 séquences génomiques du SARS-Cov-2 isolés de patients atteints de Covid-19 originaires de tous les pays du monde sont disponibles et partagées avec une vitesse sans précédent via les banques génomiques de données.
Depuis le début de l'épidémie de Covid-19 et l'identification du nouveau coronavirus, les laboratoires du monde entier génèrent des données sur la séquence du génome viral avec une vitesse sans précédent. Cela permet des progrès en temps réel dans la compréhension de la nouvelle maladie Covid-19 et dans la recherche et le développement des traitements médicaux des patients. Les données de séquences génomiques du virus sont essentielles pour concevoir et évaluer des tests de diagnostic, pour suivre et retracer l'épidémie en cours et pour identifier les options d'intervention potentielles.
La parole des chercheurs dans la cité
À l'ère de Google, des réseaux sociaux (Facebook, Twitter, YouTube?) et de la télévision numérique, l'épidémie Covid-19 a mis en avant dans tous les pays du monde un certain nombre de chercheurs en santé publique, en virologie et en épidémiologie des maladies émergentes et infectieuses.
Il faut signaler que cette crise sanitaire a donné une grande visibilité méritée à certains chercheurs qui mènent avec abnégation et humilité des projets de recherche depuis des décennies sur l'anthropologie de la santé, les coronavirus, les maladies infectieuses, l'épidémiologie des maladies émergentes? La parole de ces chercheurs est l'antidote contre la désinformation, qui s'immisce dans la surabondance de nouvelles mélangeant faits, rumeurs et fausses nouvelles sur la pandémie Covid-19, un phénomène que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a décrit comme l'infodémie.
En Algérie, nous pouvons citer le professeur Mohamed Mebtoul et son équipe qui travaillent sur l'anthropologie de la santé depuis 1991 à l'Université d'Oran 2. La crise sanitaire que vit notre pays aujourd'hui est venue valider les analyses du professeur Mohamed Mebtoul sur la crise endémique du système de santé dans notre pays.
Dans la tradition du sociologue Pierre Bourdieu et du philosophe Jacques Derrida, le chercheur Mohamed Mebtoul a allumé des contre-feux et fait un travail de déconstruction remarquable pour nous aider à comprendre les enjeux centraux de l'anthropologie de la santé en Algérie qui sont la lutte pour une santé citoyenne, le droit à l'information sanitaire et la construction d'une démocratie sanitaire dans une Algérie où "la citoyenneté s'ancre dans un processus social et politique qui est de l'ordre de la critique et de l'autocritique constructive entre les différents agents sociaux" (Mebtoul, in El Watan, 30 avril 2020). Pour les chercheurs de terrain qui travaillent sur les coronavirus depuis deux décennies, nous pouvons citer le Dr Christian Drosten qui dirige le laboratoire de virologie de l'hôpital universitaire de la charité à Berlin (Allemagne).
Le Dr Christian Drosten et son équipe travaillent sur les coronavirus depuis 2003. Ils ont mis au point les premiers tests de dépistage pour le virus SARS en 2003. Ils ont mis aussi au point le test SARS-CoV-2 en janvier 2020, qui a été homologué par l'OMS pour tester les patients atteints de Covid-19. Depuis le début de l'épidémie Covid-19, le Dr Christian Drosten anime une émission de radio sur la radio nationale allemande NDR deux fois par semaine appelé "Coronavirus Update" où il répond aux questions des citoyennes et citoyens sur les divers aspects de l'épidémie Covid-19.
Le podcast, simplement intitulé Coronavirus Update, a fait du Dr Christian Drosten la voix de la pandémie en Allemagne. Plus d'un million de personnes téléchargent régulièrement ce qui est devenu le podcast le plus populaire du pays. Le Dr Christian Drosten explique également les coronavirus aux politiciens. Il conseille la chancelière allemande Angela Merkel et le ministre de la santé Jens Spahn. Aux Etats Unis, pour les chercheurs sur les maladies émergentes, nous pouvons citer le Dr Nahid Bhadelia qui dirige l'unité des germes pathogènes à l'école de médecine de l'université de Boston.
Pendant l'épidémie de virus Ebola en Afrique de l'Ouest, qui a duré de 2013 à 2016, le Dr Nahid Bhadelia a travaillé avec l'Organisation mondiale de la santé pour lutter contre l'épidémie sur le terrain en tant que médecin clinicien dans les unités de traitement Ebola. Grâce à cette riche expérience, le Dr Nahid Bhadelia est aujourd'hui en premier ligne dans la lutte contre l'épidémie Covid-19 dans la ville de Boston pour défendre l'importance des stratégies de confinement et d'atténuation pour les travailleurs de la santé, les gouvernements et les citoyens, plaidant également pour l'importance des tests Covid-19 pour contenir le virus.
En guise d'épilogue, nous devons toujours nous rappeler et ne jamais oublier ce que les responsables de l'OMS nous disent tous les jours depuis le début de la pandémie Covid-19 : les pays doivent continuer à isoler, tester, traiter et suivre les cas de Covid-19 (en anglais : Countries must continue to isolate, test, treat and trace Covid-19 cases) jusqu'à la victoire finale.

Par : Farid CHERBAL
(*) Professeur des universités de génétique moléculaire et génétique du cancer à l'USTHB, Alger