La cuisson au micro-ondes détruit-elle les microbes '

Non.
Le four à micro-ondes n'est pas un stérilisateur. Pour détruire des microbes, il faut atteindre une température élevée et la maintenir plusieurs minutes. Or, un aliment passé au micro-ondes subit une température inégale en surface et en profondeur. Ainsi, dans certaines parties moins chauffées, d'éventuels germes peuvent subsister.