في عام 1957، كانت هناك ثلاث دول مشاركة فقط: مصر، السودان وإثيوبيا. كان من المقرر أصلاً أن تتنافس جنوب إفريقيا، لكن تم استبعادها بسبب سياسات الفصل العنصري التي كانت تتبعها الحكومة في ذلك الوقت. منذ ذلك الحين، نمت البطولة بشكل كبير، مما يجعل من الضروري إجراء تصفيات مؤهلة. بلغ عدد المشاركين في البطولة النهائية 16 مشاركًا منذ عام 1998 (كان 16 فريقًا سيتنافسون في عام 1996، لكن نيجيريا انسحبت، مما قلص عدد الفرق إلى 15 منتخبا، وتكرر ذلك في عام 2010 مع توغو )، وحتى عام 2017، لم يتغير الشكل، مع سحب ستة عشر فريقًا إلى أربع مجموعات من أربعة فرق لكل فريق، مع تقدم أفضل فريقين من كل مجموعة إلى مرحلة خروج المغلوب. في 20 يوليو 2017، تم نقل كأس الأمم الأفريقية من يناير إلى يونيو وتم توسيعها من 16 إلى 24 فريقًا.
مصر هي أنجح دولة في تاريخ البطولة، حيث فازت في البطولة سبع مرات (بما في ذلك عندما كانت مصر تعرف باسم الجمهورية العربية المتحدة بين عامي 1958 و 1961). تم منح ثلاث كؤوس مختلفة في تاريخ البطولة، حيث فازت غانا والكاميرون بالكأسين الأول والثاني بعد فوز كل منهما بالبطولة ثلاث مرات. تم منح الكأس الحالية لأول مرة في عام 2002 وفازت بها مصر إلى أجل غير مسمى بعد فوزها بلقبها الثالث على التوالي في عام 2010. اعتبارا من عام 2013، أُقيمت البطولة في السنوات الفردية حتى لا تتصادم مع كأس العالم.
حسب لوائح الاتحاد الأفريقي لكرة القدم، يتم منح الفريق الفائز ثلاثين ميدالية ذهبية، الفريق الوصيف ثلاثين ميدالية فضية والفريق صاحبا المركز الثالث ثلاثين ميدالية برونزية. بالنسبة للكأس يتم تقديم الكأس الأصلية لاتحاد المنتخب البطل، يتم إعادته إلى الاتحاد الأفريقي لكرة القدم قبل شهرين من بداية البطولة التالية ويقدم له نسخة مقلدة بأبعاد 4-5 حسب حجم الكأس الأصلية.